Meva-Formularhilfe

Die vorliegende Formularhilfe erklärt die Steuerung von Meva über das Konsiliarformular.

Hinweis: Wenn Sie die Maus über die Parameternamen bewegen, erhalten Sie eine Kurzhilfe zu den Parametern; wenn Sie darauf klicken, eine ausführliche Hilfe.

Was wird eingelesen

Die hier aufgeführten Felder bestimmen, welche Daten überhaupt analysiert werden.

Bibliographisches Feld. Wählen Sie das zu analysierende bibliographische Feld aus. Wichtige Felder sind u.a. Author, Affiliation, Title oder MeSH Terms. Eine Auflistung aller bibliographischen Felder zusammen mit einer Erklärung finden Sie in der Feldhilfe.

Es werden alle Feldeinträge des ersten gewählten Feldtyps von allen Artikeln mit zugehöriger Artikelnummer (PMID) angezeigt. Falls Sie auch einen zweiten Feldnamen auswählen, werden entsprechend auch die im selben Artikel befindlichen Feldeinträge des 2. Feldtyps angezeigt. Bei sehr großen Anfragen kann es ratsam sein, Feld 2 leer zu lassen (sofern es nicht zwingend benötigt wird), um die Verarbeitung zu beschleunigen und die Netzbelastung zu reduzieren.

Ausschnitt aus einer MEDLINE-Datei:

PMID- 12356599
OWN - NLM
STAT- MEDLINE
DA  - 20021001
DCOM- 20021022
LR  - 20081121
IS  - 0090-0036 (Print)
VI  - 92
IP  - 10
DP  - 2002 Oct
TI  - "Voodoo" death. American Anthropologist, 1942;44(new series):169-181.
PG  - 1593-6; discussion 1594-5
FAU - Cannon, Walter Bradford
AU  - Cannon WB
LA  - eng
PT  - Biography
PT  - Classical Article
PT  - Historical Article
PT  - Journal Article
PT  - Portraits
PL  - United States
TA  - Am J Public Health
JT  - American journal of public health
JID - 1254074
SB  - AIM
SB  - IM
CIN - Am J Public Health. 2002 Oct;92(10):1564-6. PMID: 12356591
MH  - Anthropology, Cultural/*history
MH  - *Cause of Death
MH  - Fear/*physiology
MH  - History, 20th Century
MH  - Humans
MH  - Observation
MH  - Social Isolation
MH  - Stress, Psychological/physiopathology
MH  - United States
MH  - Witchcraft/*history/psychology
PS  - Cannon WB
FPS - Cannon, Walter Bradford
PMC - PMC1447285
OID - NLM: PMC1447285
EDAT- 2002/10/03 04:00
MHDA- 2002/10/31 04:00
CRDT- 2002/10/03 04:00
PST - ppublish
SO  - Am J Public Health. 2002 Oct;92(10):1593-6; discussion 1594-5.

Suchfilter. Geben Sie im Suchfeld eine Zeichenkette (ohne Berücksichtigung von Groß- bzw. Kleinschreibung) an, die im Feldinhalt vorkommen muß. Dies schränkt das Suchergebnis massiv ein und ist selten sinnvoll.

Für MeSH-Terms können Sie die Suche spezifischer gestalten, indem Sie Nur Hauptschlagwörter oder Ohne Unterschlagwörter auswählen.

Für Autoren können Sie die entsprechende Auswahl aktivieren, um Mevas Analyse auf Erstautoren oder Letztautoren zu beschränken.

Minimale Häufigkeit. Sie können die Anzeige auf Felder beschränken, die eine Mindesthäufigkeit aufweisen. Wenn Sie z.B. 3 angeben, werden nur Felder angezeigt, die mindestens drei mal im PubMed-Resultat vorkommen. Empfohlen, um Datenmenge und Netzlast zu reduzieren!

Was wird ausgegeben

Die hier aufgeführten Felder bestimmen, welche Daten wie angezeigt werden.

Diagramme. Wählen Sie mit der Checkbox, ob Histogramme der häufigsten Felder sowie Koinzidenztabellen angezeigt werden sollen.

Mit dem Top-Wert können Sie die Anzahl der Felder festlegen, die in den Diagrammen angezeigt werden sollen. Wünschen Sie z.B. eine Häufigkeitsdarstellung der drei häufigsten Felder, geben Sie hier eine 3 an. Überschreitet der hier angegebene Wert die Anzahl der gefundenen Felder, wird er von Meva auf die Anzahl angepaßt. Maximal 50 sind erlaubt.

Mit der Skalierung können Sie das Aussehen der Histogramme beeinflussen. Dieser Wert sollte in den meisten Fällen auf auto belassen werden. In den Fällen jedoch, in denen Histogramme mehrerer Resultatdateien verglichen werden sollen, kann es nützlich sein, die Skalierung auf einen absoluten Wert zu setzen, um eine direkte optische Vergleichbarkeit zu ermöglichen.

Details. Geben Sie mit der Checkbox an, ob Sie eine Auflistung aller Felder wünschen.

Wählen Sie außerdem, ob die gefundenen Felder in den Details alphabetisch oder nach Anzahl ihres Vorkommens sortiert werden sollen, und in welcher Reihenfolge: auf- oder absteigend.

Mit der Option PMID immer anzeigen können Sie erzwingen, daß die PMID-Spalte in den Details auch dann angezeigt wird, falls kein zweiter Feldtyp im Formular ausgewählt wurde. Falls die PMID aber nicht interessiert und man ein komprimiertes Listing, z.B. zum Ausdruck, benötigt, empfiehlt es sich, diese Option auf der Voreinstellung (inaktiv) zu lassen.

MeSH-Codes. Wählen Sie, ob zu den MeSH Terms in den einzelnen Sektionen auch die entsprechenden MeSH Codes ausgegeben werden sollen. Denken Sie daran, daß nicht alle Terms über Codes verfügen, speziell solche generischer Natur wie z.B. Human oder Animal. Die Aktivierung dieses Punktes wird nur bei kleineren Anfragen empfohlen, da es die Verarbeitungsgeschwindigkeit herabsetzt. Diese Option wird für den MeSH-Baum nicht benötigt und Sie werden sie daher nur selten benötigen.

MeSH-Baum. Wenn Sie im Feld 1 oder 2 MeSH-Tags ausgewählt haben, können Sie einen MeSH-Baum ausgeben lassen, in dem alle gefundenen MeSH-Tags mit ihren Häufigkeiten und entsprechend ihrer Codeposition dargestellt werden. Legen Sie zudem fest, bis zu welcher Tiefe er dargestellt werden soll. Die Darstellungstiefer 1 stellt z.B. nur die Hauptrubriken dar.

Da PubMed nur die Zeichenkette eines Terms, nicht aber den entsprechenden Code selbst liefert, und eine Zeichenkette unter mehreren Codes im Baum lokalisiert sein kann - Orientation findet sich z.B. unter F01.058.577 als auch unter F02.830.606 - stellt Meva alle zugehörigen Codes dar. Nun entsteht aber das Problem, die Häufigkeiten den Codes zuzuordnen. Wird Orientation z.B. 9 mal gefunden, welcher Code soll die 9 tragen: F01.058.577 oder F02.830.606? Meva versucht, dieses Problem mit mehreren Strategien aufzulösen.

Branch fit. Der Benutzer kann einen MeSH-Teilbaum auswählen, in dem die Häufigkeiten bevorzugt erfaßt werden. Greift diese Strategie nicht, sei es, weil der Teilbaum vom Benutzer unglücklich gewählt wurde oder weil zwei zusammengehörige Codes sich im selben Teilbaum befinden, kommt eine Alternativstrategie zum Tragen:

Deepest fit. Hier wählt Meva den Code aus, der am tiefsten in der Baumhierarchie verankert ist, um die Spezifität des Resultates zu erhöhen. Versagt auch dieser Ansatz, schaltet Meva auf die dritte Strategie um:

First fit. Hier wird der erste Code, der zu einer Zeichenkette gefunden wird, mit den Häufigkeiten des Strings belastet. Offensichtlich ist dies der Fall bei dem o.g. Beispiel.

Datenformat. Geben Sie an, ob Sie das Resultat im HTML- oder im datenbanktauglichen Textformat möchten.

Im HTML-Format können Sie mit einer Tastenkombination (z.B. Alt+Druck unter Windows) ein Bild des Browserfensters in die Zwischenablage abspeichern, das dann in jede beliebige Applikation (Word, PowerPoint etc.) eingefügt werden kann, z.B. für Präsentationen. Manche Felder des HTML-Resultates sind als Verknüpfungen zu PubMed angelegt, d.h. ein Klick darauf aktiviert eine weitere Suche in der PubMed-Datenbank.

Tip: Viele Browser erlauben eine Vollbilddarstellung ohne störende Rahmen, dies wird häufig durch Drücken der Taste F11 erreicht.

Im Text-Format enthält die zurückgelieferte Textdatei eine durch Tabulatoren getrennte Liste von Daten (Details oder MeSH Tree), wobei die erste Zeile die Feldnamen enthält. Viele Datenbank- oder Chartprogramme erlauben es, beim Einlesen von Daten im Textformat (SDF, TSV, CSV etc.) die erste Zeile als Feldnamen zu interpretieren. Falls nicht: löschen Sie sie einfach. Abhängig vom Browser und ggf. eingesetzten persönlichen Proxys stellt der Browser die Textdaten entweder direkt in seinem Fenster dar oder bietet ihr Abspeichern unter einem beliebigen Namen an.

Kommentar. Sie können hier einen Benutzerkommentar eingeben, der von Meva ins Resultat eingebettet wird. Somit können Sie später leichter Ihre Suchergebnisse identifizieren, insbesondere wenn Sie mehrere Analysen durchführen.

Es gibt zwei gute Gründe, dieses Feld nicht zu vernachlässigen:

Da der Kommentar von Meva in den Titel eingebettet wird und viele Browser, wie z.B. der Internet Explorer, den Titel verwenden, um beim Abspeichern einer HTML-Datei einen Dateinamen vorzuschlagen, können Sie somit schnell die Datei unter einem aussagekräftigen Namen abspeichern, was zur späteren Identifikation hilfreich ist.

Außerdem erscheint der Kommentar beim Ausdrucken auf jeder Seite oben in der Kopfzeile. Insbesondere wenn man Ausdrucke über mehrere Seiten hat und diese nicht gleich abheftet, können dank des Kommentars die Seiten dann trotzdem noch richtig einander zugeordnet werden.

Wird kein Kommentar vergeben, wird der Linkrestriktor als Kommentar verwendet.

Etc.

Dateiname. Geben Sie den kompletten Pfad und Dateinamen zu der von der NLM heruntergeladenen Textdatei an, z.B. f:\in\ms20020617.txt (Windows) oder /home/user/ms20020617.txt (Unix).

Konsultiere Meva. Dieser Button sendet die Formulardaten an Meva zur Auswertung.

Löschen. Dieser Button löscht alle Formulardaten und setzt die Felder auf ihre Standardwerte zurück.

Einschränkungen im Gebrauch von Meva und PubMed

PubMed. Bitte beachten Sie den Hinweis des NCBI: Do not overload NCBI's systems. The Entrez search and retrieval system was not designed for downloading large quantities of data. Users intending to send numerous queries and/or retrieve large numbers of records from Entrez should comply with the following: Run retrieval scripts between 7 PM and 5 AM Eastern Time weekdays or any time on weekends. Make no more than one request every 2 seconds.

Dies bedeutet im Klartext, Europäer sollen großvolumige Abfragen an PubMed am Vormittag stellen. Damit helfen Sie mit, diesen kostenlosen Dienst auch kostenlos zu erhalten!

Meva. Auch Meva verweigert ab einer bestimmten, vom Administrator definierbaren Dateigröße die Verarbeitung, um das Netzwerk nicht zu überlasten. In diesem Fall können Sie die Daten mittels PMComp lokal auf Ihrem Rechner vor dem Absenden an Meva komprimieren. Die Kompression erreicht in der Regel eine Reduktion auf durchschnittlich 1-20 % der ursprünglichen Dateigröße. Ist Meva beispielsweise auf ein Dateimaximum von 5 MB eingestellt, können Sie so dennoch virtuelle 25-500 MB an Meva zur Verarbeitung schicken. Dies wird generell empfohlen bei Dateigrößen über 5 MB und bei wiederholten Anfragen mit denselben Daten, aber unterschiedlichen Parametern, da es die Netzlast reduziert und die Verarbeitungsgeschwindigkeit erhöht.

Denken Sie jedoch daran, daß Meva unabhängig von der Größe der Eingabedatei nur eine Maximalzahl an Feldern ausgibt, da ansonsten die zurückgelieferte HTML-Datei so groß geriete, daß die Web-Browser sie nicht mehr darstellen könnten. Im Text-Modus trifft die Feldbeschränkung jedoch nicht zu.